Hallo Canberra,
also ich habe nur ein echtes Photoshop, hoffe aber, dass ich Dir eventuell helfen kann.
Also, Ebenen sind so zu verstehen wie z.B. Overhead-Folien. Man legt sie übereinander und die Folien (Ebenen) sind je nach Einstellung mehr oder weniger sichtbar und lassen von den unteren Sachen eben mehr oder weniger durchscheinen.
Wenn Du in Deinen Bildern einen Ausschnitt des Bildes in eine neue Ebene kopiert hast, dann liegt diese über dem ursprünglichen Bild. So lange Du diesen Ausschnitt nicht irgendwie hervorhebst (Ebenen-Effekte verwendest oder ähnliches) siehst Du den Ausschnitt nur in der Ebenen-Palette, weil der Hintergrund ja trotzdem da steht und dort sichtbar bleibt, wo Du im Ausschnitt nichts an Bilddaten hast (also der komplett transparente Teil der Overhead-Folie).
Solange Du die Datei nicht als JPG sondern als TIF oder PSD mit Ebenen abspeicherst, sollte die Ebene mit dem Ausschnitt weiterhin vorhanden sien.
JPG kann nämlich keine Ebenen speichern.
Hoffe das hilft und noch viel Spaß im
Gruß
Heike