Hallo!
Was heißt'n das genau?
Und im PDF waren es schon Pixel? Hmmm, schade drum.
Logos sollte man immer vektorbasiert bauen, damit man beim späteren Skalieren keine Verluste hinnehmen muss.
Wenn das aber alles Pixel sind, dann würde ich den Zauberstab Zauberstab sein lassen und es eher über Menü Auswahl > Farbbereich und anschließend "Kante verbessern" versuchen. Das gibt meist deutlich bessere Ergebnisse.