Ohne es konkret zu wissen, würde ich darauf tippen, dass sich in deiner Datei Pfade ohne Kontur oder vielleicht Ankerpunkte befinden, deren Griffe sich überschneiden und die dann beim vereinen zu solche seltsamen Ergebnissen führen.
Bei genauerem hinsehen, kann man z.B. erkennen, dass manche Bereiche auf irgendwelche Weise nachbearbeitet wurden...
Einige der Astspitzen weissen auch scharfe Knicke auf - da stellt sich die Frage, woher diese kommen.
Woran es genau liegt, kann man nur sagen, wenn man die Datei zur Überprüfung zur Verfügung hätte.
Was man eventuell versuchen könnte, wäre nicht alle Elemente auf einmal zu vereinen, sondern schrittweise vorzugehen.