Zerbrich dir nicht den Kopf. Ich habs damals auch sein lassen und einfach auf den IE7 upgedatet. Auf Arbeit hab ich als Zweitbrowser den FF installiert und damit war das Prob für mich erledigt. Wen die grauen Kästchen um die transparenten PNGs stören, der soll halt einen anderen Browser nehmen. In spätestens 1 Jahr existiert der IE6 eh nur noch auf einer Handvoll Rechnern und da ist dann fraglich, ob diese je die Seite aufrufen würden.
Wenn du es aber unbedingt anpassen willst, mach eine Version ohne Transparenz und eine mit Transparenz. Bei IE6-Nutzern -> Weiterleitung zur Version ohne Transparenz mit Warnmeldung: "Achtung! Die grafischen Hochgenüsse dieser Seite wurden durch ihren Browser deaktiviert! Bitte benutzen Sie einen aktuelleren Browser!".