Ich würde mir vermutlich eine entsprechende Skala (Vektor) basteln und diese platzieren...
https://filehorst.de/d/cIfhqeBr
Dann würde ich im Meßprotokoll zunächst einmal die Meßskala und anschliessend die aufzunehmenden Datenpunkte festlegen, die aufgezeichnet werden sollen.
Nun kann man über das Meßwerkzeug jede einzelne Wanddicke festlegen und aufzeichnen. Am Ende kann man sich das Ergebnis dann als TXT-Datei ausgeben lassen.
Nachtrag:
"Theroretisch" könnte man das ganze auch weitestgehend automatisieren - allerdings würde das nur dann Sinn machen, wenn man wirklich viele dieser Proben vermessen müsste und die Bilder wirklich nur den eigentlichen Querschnitt zeigen würden (wie im Bild mit der Skala) und nicht wie in den eigenen Scans auch die nach hinten zulaufenden perspektivischen Bereiche.
Dann könnte man beim (automatischen) ausmessen sogar mit berücksichtigen, in wie weit der Farbwert am Anfang bzw. Ende einer Messtrecke in Bezug auf die Länge zu berücksichtigen ist.
Das ist aber mehr etwas für wissenschaftliche Zwecke und in diesem Fall vermutlich zu viel des guten.