Also wenn ich dich jetzt richtig verstehe, dann hast du eine .psd in Graustufen mit x Ebenen. Zwei davon sind in der Füllmethode "Abdunkeln". Und wenn du alle Ebenen auf eine Ebene reduzieren willst, dann erhältst du ein Gesamtbild, welches (egal wie du es nun auch anstellst) im Schnitt 3% dunkler ist, als es eigentlich sein sollte bzw. als es vorher war bzw. wie du es haben willst....richtig soweit?
Wenn ja, dann liegt das an den beiden Ebenen mit der "Abdunkeln" Füllmethode. Denn auch deren eigenschaften fließen mit ins Gesamtbild mit ein. Da du dies aber nicht willst, solltest du einfach mal deine oberste Ebene aktivieren (anklicken) und dann

+

+

+E drücken. Das ist der Befehl um das, was du gerade siehst zu einer neuen Ebene zu machen. Das positive daran ist, dass du eine neue Ebene erhälts, die tatsächlich zu 100% so aussieht, wie du es derzeit auf dem Monitor siehst und zum anderen behältst du all deine Ebenen.