Schnittmasken, oder auch Einstellungsebenen, können durch einen Linksklick bei gedrückter

-Taste zwischen Einstellungsebene und darunter liegender Ebene miteinander verbunden werden. So beziehen sich die Einstellungen lediglich auf die darunter liegende Ebene. Ob dir das hilft weiß ich nicht, denn du sprachst ja von einem ganzen Ordner. Allerdings habe ich mal gehört, dass ab CS6 die Einstellungsebenen auch auf einen Ordner statt nur auf eine Ebene bezogen werden können.
Wenn du aber in der Ebenenpalette deine Ordner "A" hast, indem sich die erwähnte Objektebene befindet und darüber die Einstellungsebenen liegen, welche die Optik der darunter liegenden Ebene beeinflussen, dann macht es in der Tat wenig Sinn, die Objektebene zu duplizieren und über den Ordner A zu legen (in der Ebenenpalette), da diese dann ja alles darunter liegende verdecken würde...somit auch die optischen Anpassungen deiner Einstellungsebenen.
Es gibt da aber einen kleinen Trick...wenn auch nicht ohne Haken. Du kannst das oberste Objekt in der Ebenenpalette anklicken (egal ob Ebene, Einstellungsebene, Ordner...whatever) und dann durch drücken von

+

+

+E alles sichtbare auf eine neue Ebene reduzieren. Auf deutsch heißt das soviel wie: Das was du jetzt in diesem Augenblick in Photoshop auf der Arbeitsfläche siehst, erscheint als einzelne Ebene über dem aktuell aktivem Objekt in der Ebenenpalette (daher auch vorher das Oberste anklicken). Ist quasi wie ein Screenshot. Und die neue Ebene beinhaltet eben auch die bereits vorgenommenen, optischen Veränderungen durch die Einstellungsebenen.
Der Haken bei der Sache ist halt, dass du an den Einstellungsebenen nix mehr verändern brauchst, da es eh keine Wirkung mehr haben wird...bzw. die Wirkung siehste nicht. Denn über denen liegt ja jetzt die neue Ebene, die du gerade erzeugt hast.
Ich hoffe du meintest das ungefähr so in etwa. Zumindest kannst du erst Anpassungen durch Einstellungsebenen vornehmen und dann die Ebene, ohne Verlust der eingestellten Anpassungen durch die Einstellungsebenen, duplizieren. Dann kannste mit dem Duplikat weiter arbeiten.